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Le génome du colza séquencé


Inflorescence de colza. © CAIN Anne-Hélène

Un consortium international d’une trentaine d’instituts de recherche, piloté par l’Inra et le CEA (Genoscope) et associant le CNRS et l’université d’Evry, vient de rendre publique la séquence de référence du génome complet du colza.

Cette première mondiale ouvre la voie à la compréhension fondamentale des génomes complexes polyploïdes (associant plusieurs sous-génomes), ainsi qu’à l’amélioration variétale du colza, une grande culture récente1 en pleine expansion et à fort potentiel d’amélioration.

Une première mondiale

Dans le cadre du projet Seq-Poly-Nap, financé principalement par l’Agence nationale de la recherche (ANR), des chercheurs de l’Inra, du CEA (Genoscope), du CNRS, de l’Université d’Evry, en collaboration avec leurs collègues étrangers, ont produit la séquence de référence du génome du colza ainsi que celle d’une collection de variétés représentant la diversité de cette espèce.

Une séquence de référence constitue la séquence assemblée et ordonnée de tous les gènes. La principale difficulté dans le cas du colza a été de séquencer les deux sous-génomes et de les distinguer. Ceci a été rendu possible par la mise au point d’une stratégie originale de séquençage, le développement d’outils bioinformatiques et d’analyse de l’expression des gènes dupliqués et de leur régulation.

C’est la première fois qu’un génome polyploïde récent est séquencé dans son intégralité et comparé à ceux de ses espèces parentales, le chou et la navette (dont l’Inra a également contribué aux déchiffrages récents).

Le colza: champion des duplications récurrentes des génomes par polyploïdie

Les chercheurs montrent qu’au-delà de l’hybridation post-néolithique ayant conduit à sa formation, le colza aurait accumulé au cours de son évolution 72 génomes ancestraux, résultat de nombreux cycles de polyploïdisation, faisant de son génome un des plus hautement dupliqués chez les plantes à fleurs (angiospermes).

Ce phénomène récurrent, suivi par des restructurations du génome, a conduit à l’accumulation d’un grand nombre de gènes, soit plus de 101 000. Un nombre plus de quatre fois plus important que les 20 000-25 000 gènes de l’Homme par exemple.

Une cohabitation et un « dialogue » subtils entre les sous-génomes et gènes dupliqués

Les chercheurs ont observé que la grande majorité des gènes du colza sont dupliqués, existant donc en deux copies à séquences proches ou quasi-identiques. La quasi-totalité de ces gènes dupliqués sont exprimés ; pour un même gène, les deux copies participent conjointement à leur fonction.

Les chercheurs suggèrent que ces gènes dupliqués confèrent un réservoir important de diversification, d’adaptation et d’amélioration; la fonction principale étant régie par une copie des gènes dupliqués, la deuxième copie peut se restructurer et muter pour l’émergence de nouvelle fonction.

Le dialogue se traduit également par des échanges de gènes et d’ADN entre les deux sous-génomes du colza. Ainsi, pour un gène dupliqué, normalement présent sur les deux sous-génomes, une copie peut être remplacée par la séquence de la deuxième copie du second sous-génome. Le mécanisme d’échange à l’œuvre ainsi que son avantage sélectif restent encore à déterminer, bien qu’il ait déjà été montré que ce phénomène conduit à une diversification.

Une ressource unique pour l’amélioration variétale du colza

Le colza est une espèce cultivée à grande échelle depuis peu, à laquelle il reste un fort potentiel d’amélioration génétique. Ainsi le séquençage de son génome constitue une ressource unique au monde car il ouvre de nouvelles potentialités pour l’identification des gènes d’intérêt agronomique et leur utilisation rapide dans les programmes de sélection variétale.

Il serait par exemple possible d’améliorer la teneur et la composition en huile, la résistance à des pathogènes, la tolérance au froid, le rendement, ou encore l’efficacité d’utilisation des nitrates dans le sol.

De nombreux projets exploitant cette ressource pour une agriculture durable sont en cours, notamment à l’Inra.

1 L’apparition du colza est considérée comme « récente », c’est-à-dire qu’elle remonte à l’ère post-néolithique, soit environ 5 500 ans avant notre ère

Référence
Chalhoub et al. Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome. Science, 22 août 2014. DOI: 10.1126/science.1253435

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Publication de l’arrêté d’interdiction du semis de semences de colza traitées avec du thiametoxam en France


Le 1er juin, Stephane LE FOLL, ministre de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt a décidé,
suite à l’avis de l’ANSES, de retirer l’autorisation de mise sur le marché du Cruiser OSR sur le colza.

Cette décision a été confirmée le 29 Juin à l’issue de la période de procédure contradictoire permettant
au titulaire de l’autorisation de mise sur le marché de la préparation Cruiser OSR de faire valoir ses
arguments.

Le Ministre a parallèlement engagé la procédure de demande d’interdiction au niveau européen qui n’a,
à ce stade, pas fait l’objet de réponse de la Commission.

En conséquence et en conformité avec le droit européen, le Ministre a signé ce 26 juillet 2012 l’arrêté
permettant d’interdire le semis en France de semences de colza traitées avec du thiametoxam.

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Bilan récoltes 2011:Céréales à paille, colza et pois : variabilité importante des rendements


Suite à la sécheresse du printemps, l’année 2011 se caractérise par une grande disparité de rendements, supérieure aux années précédentes et qui se retrouve sur toutes les cultures.
État des lieux par espèce…

Blé tendre : grande hétérogénéité des rendements, mais bon niveau qualitatif

Malgré une récolte 2011 ayant commencé précocement, les pluies survenues à partir de la
deuxième quinzaine de juillet ont fortement ralenti le rythme des moissons. Ces dernières sont
cependant terminées dans la majeure partie de la France. Elles sont toujours en cours dans les
régions de la bordure maritime de la Manche et au nord de la Seine.
Au 9 août, l’estimation de la production est proche des 33,3 Mt. Le rendement moyen national,
évalué à 66 q/ha, apparaît certes en forte baisse par rapport à la récolte 2010 (73 q/ha) mais est
supérieur à ce qui était attendu au vu des conditions climatiques de la campagne.
Le printemps chaud et sec qui a caractérisé cette campagne a entraîné une mauvaise valorisation
des apports d’azote, limitant souvent les peuplements épis. Dans ces conditions, l’effet type de sol
est marqué : les parcelles en sols superficiels et non irrigués ont particulièrement souffert, alors
que les terres profondes ou irriguées s’en sortent beaucoup mieux, pouvant même obtenir de très
bons résultats.
Dans les deux tiers sud du pays, les rendements extrêmes s’échelonnent de moins de 20 à
100 q/ha, avec une moyenne située aux environs de 50 q/ha dans le quart sud-ouest. La région
Poitou-Charentes a été particulièrement pénalisée cette année, même si de bons résultats ont été
obtenus en sols profonds. La région Pays de la Loire a été moins touchée, ce qui est aussi le cas
de la Bourgogne et de la Franche-Comté, qui obtiennent des rendements moyens supérieurs à
60 q/ha, grâce à des conditions de remplissage plus favorables.
De la Beauce au nord de la France, les rendements moyens se situent entre 60 et plus de 90 q/ha,
avec ici aussi des extrêmes très importants, de moins de 30 à 120 q/ha, selon les parcelles et
notamment la profondeur de sol. Le retour des pluies en mai – juin a profité aux situations tardives
en permettant de finir correctement le remplissage sur les sols profonds.
Sur le plan qualitatif, les teneurs en protéines dépassent généralement 11 % en moyenne, voire
même 12 % dans le quart sud-ouest et le centre du pays. Les poids spécifiques moyens sont d’un
très bon niveau : généralement supérieurs à 78 kg/hl, ils peuvent atteindre 80 kg/hl dans certaines
régions. Ces chiffres cachent néanmoins des disparités, avec des baisses observées sur les
parcelles récoltées après les pluies. Enfin, les conditions fraîches et humides observées depuis la
deuxième quinzaine de juillet ont suscité de nombreuses interrogations quant à leur impact sur la
germination sur pied et sur les indices de chute de Hagberg. Les dernières parcelles récoltées
après les pluies peuvent présenter des indices de chute de Hagberg en baisse et, dans quelques
cas extrêmes, des grains germés. Cette situation semble limitée à des variétés précoces n’ayant
pas pu être récoltées avant les pluies, ce qui représente un faible tonnage.

Blé dur : rendements variables mais récolte de bonne qualité

Les récoltes sont terminées.

Avec un rendement moyen de 48 q/ha, la production estimée est proche des 2,1 Mt contre plus de
2,5 Mt l’année dernière.
Comme en blé tendre, les rendements sont très hétérogènes dans l’ensemble des régions de
production. Ceci s’observe notamment dans le Sud-Est, où les extrêmes varient de 10 q/ha à plus
de 100 q/ha, la moyenne se situant aux environs de 35 q/ha. Dans le Sud-Ouest, les écarts entre
parcelles sont un peu moins importants et les rendements moyens varient de 40 à 55 q/ha selon
les départements. Avec une moyenne proche des 45 q/ha, les rendements sont en net retrait en
Poitou-Charentes, et ici encore très disparates : mauvais dans les sols séchants et très bons dans
les marais. Les rendements sont d’un meilleur niveau dans les Pays de la Loire, avec une
moyenne d’environ 60 q/ha. Enfin, dans la région Centre, de très bons rendements, avoisinant
70 q/ha, sont obtenus au nord de la Loire tandis qu’ils sont plus limités au sud, à 45-50 q/ha, pour
une moyenne régionale supérieure à 60 q/ha.
La récolte est globalement de bonne qualité. Les teneurs en protéines atteignent généralement
14 % à 15 % en moyenne, même si des lots à plus faible teneur sont observés. Les poids
spécifiques sont également d’un très bon niveau, avec des moyennes quasi systématiquement
supérieures à 80 kg/hl et atteignant parfois 82 kg/hl. Par ailleurs, la moucheture est très peu
présente et le mitadinage reste limité. Les dernières parcelles récoltées après les pluies peuvent
néanmoins présenter un taux de grains mitadinés un peu plus élevé et des indices de chute de
Hagberg en baisse.

Orges : baisse de la production

Toutes orges confondues, la production est évaluée à 8,9 Mt contre près de 10,2 Mt en 2010.
Orges d’hiver : un peu plus de 6,5 Mt contre 7,6 Mt l’année dernière
Les récoltes sont là aussi terminées.
Avec une moyenne estimée autour de 60 q/ha, les rendements des orges d’hiver sont en baisse
de près de 7 % par rapport à l’an dernier. Ces résultats sont toutefois moins mauvais que ce qui
était prévu suite à la sécheresse sévère du printemps. Le déficit de grains par mètre carré a en
effet été compensé, au moins partiellement, par des poids de mille grains élevés, obtenus grâce à
un bon rayonnement et à l’absence d’échaudage durant le remplissage. Toutefois, comme pour les
autres céréales à paille, la variabilité des rendements est importante. Les parcelles implantées sur
sols séchants réalisent des rendements moyens autour de 40-45 q/ha, soit environ 25 % endessous
de leur moyenne pluriannuelle. Inversement, sur les zones favorables et notamment sur
les milieux agro-climatiques tardifs, les rendements moyens sont équivalents voire supérieurs à
ceux enregistrés en 2010, notamment dans le nord de la France. Dans ces situations, il n’est pas
rare d’observer des résultats proches de 95-100 q/ha.
La qualité brassicole est d’un très bon niveau. Les teneurs en protéines sont généralement
contenues entre 9,5 et 11,5 %, grâce aux conditions sèches au cours du printemps et pendant le
remplissage. Les poids spécifiques moyens sont bons, presque toujours supérieurs à 65 kg/hl et
parfois supérieurs à 68 kg/hl. Enfin, les calibrages moyens dépassent 70 % et plus souvent 80 %.

Orges de printemps : une récolte qui diminue de 9 % par rapport à 2010

Les récoltes sont encore en cours dans l’est et le nord de la France. La production dépasserait les
2,3 Mt, alors qu’elle atteignait près de 2,6 Mt lors de la campagne précédente.
On retrouve pour cette culture l’hétérogénéité des rendements en fonction des situations et
notamment des types de sols. Ils tournent autour de 40 q/ha en moyenne dans les régions Poitou-
Charentes et Lorraine et se rapprochent des 50 q/ha en Bourgogne, Champagne-Ardenne, Nord-
Pas-de-Calais et Picardie.
En termes de qualité, les protéines ne sont pas toujours contenues, surtout dans le nord-est de la
France, conduisant à des déclassements de lots. Le retour des pluies durant le remplissage des
orges de printemps a en effet favorisé la remobilisation de l’azote dans ces régions. Par ailleurs,
les derniers lots peuvent présenter des grains verts, suite aux rejets d’épis qui ont eu lieu après le
retour des pluies. Dans tous les cas, les calibrages sont généralement d’un très bon niveau.

Colza : il tire son épingle du jeu, malgré la sécheresse

Alors que les récoltes ont commencé début juin sur la façade atlantique et dans le Sud, le retour
des pluies les a repoussées jusqu’en août plus au Nord.
Avec un rendement moyen national qui devrait dépasser 30 q/ha, la production s’établirait à
5,3 Mt, en augmentation par rapport aux 4,8 Mt de 2010. Derrière cette moyenne se cache ici
aussi une grande disparité de rendements, allant de moins de 15 q/ha à plus de 50 q/ha dans l’Est
et le Nord. La réserve utile des sols, la qualité d’implantation et le suivi technique expliquent ces
différences.
Dans les régions du Nord et en Haute-Normandie, des records départementaux sont battus avec
environ 45 q/ha de moyenne, des rendements supérieurs à 50 q/ha fréquemment observés et des
parcelles qui atteignent plus de 60 q/ha !
Les rendements moyens des régions Centre et Bourgogne sont proches de la moyenne nationale,
tandis que ceux des régions de Champagne-Ardenne et de Lorraine dépassent ceux de 2010
(entre 30 et 40 q/ha). On observe toutefois une grande hétérogénéité entre parcelles, du fait de la
disponibilité en eau des sols et des conditions climatiques très pénalisantes en petites terres. Dans
ces situations, les erreurs agronomiques, notamment à l’implantation, impactent fortement le
résultat final. En Poitou-Charentes, le colza est la culture qui a le mieux résisté à la sécheresse
printanière et les résultats dépassent ceux de 2010.
Dans le Sud, les rendements se situent entre 20 et 25 q/ha. En cause, la sécheresse printanière
dont l’impact négatif a été amplifié par des conditions d’implantation difficiles (sécheresse, fortes
attaques d’altise) dans le Sud-Ouest et la présence d’oïdium dans le Sud-Est.
La qualité de la récolte est satisfaisante et la moyenne de la collecte pourrait se situer au même
niveau que les années passées, entre 44 et 45 % d’huile (aux normes 9 % d’eau et 2 %
d’impuretés).

Pois : forte baisse de la production

Les récoltes sont en cours dans le nord de la France et sur la bordure maritime de la Manche.
La production de pois est évaluée à 0,7 Mt (1,1 Mt en 2010), conséquence de rendements en forte
baisse et d’une diminution des surfaces. Avec des semis de printemps en conditions sèches et un
retour des pluies qui s’est fait beaucoup attendre, le nombre d’étages de gousses n’était pas au
rendez-vous, avec seulement 3 voire 4 étages, pénalisant ainsi le résultat final.
Les rendements se situent dans de nombreuses régions aux environs de 35 q/ha en moyenne.
Les plus faibles résultats sont obtenus dans le Sud-Ouest et en région PACA, avec une moyenne
inférieure à 25 q/ha. Comme pour les autres cultures, les rendements obtenus en Poitou-
Charentes sont assez faibles, avec une moyenne aux environs de 25 q/ha. Les rendements
moyens sont compris entre 35 et 40 q/ha en régions Centre, Bourgogne, Ile de France et
Champagne. De fortes disparités existent dans la moitié nord du pays (48 q/ha en Haute-
Normandie et 33 q/ha dans la région Nord-Pas-de-Calais).
Dans toutes les régions, les rendements sont très hétérogènes, notamment en fonction du type de
sol. Comme pour toutes les autres cultures, les parcelles en sols superficiels ont été
particulièrement pénalisées, tandis que les parcelles irriguées obtiennent les meilleurs résultats,
pouvant parfois atteindre des maxima de 60 à 70 q/ha.

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L’Union Nationale de l’Apiculture Française saisit le Conseil d’Etat d’une demande en annulation de l’AMM du CRUISER OSR sur colza.


L’Union Nationale de l’Apiculture Française, saisit ce jour en urgence, le Conseil d’Etat d’une demande d’annulation de l’AMM du CRUISER OSR sur colza avant que n’aient lieu les opérations d’enrobages des semences, puis les semis du mois d’août prochain.

Cet insecticide systémique utilisé en enrobage de semences et véhiculé par la sève jusque dans les fleurs, est composé de trois substances actives, thiaméthoxam  insecticide), fludioxonil et métalaxyl-M (foncigides), d’une extrême toxicité pour les abeilles.
Cette décision révélée par l’UNAF, le 16 juin, est d’autant plus grave que le colza restait avec le tournesol, une des rares cultures non traitées d’un attrait majeur pour l’avenir du cheptel apicole français.
Compte tenu de l’urgence qu’il y a à éviter ce nouveau désastre pour les abeilles, l’UNAF demande au Conseil d’Etat de suspendre immédiatement en référé l’autorisation du Cruiser OSR délivrée par le ministre le l’agriculture le 3 juin dernier.

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Céréales: bonne campagne 2010


FranceAgriMer / ARVALIS – Institut du végétal viennent de publier, le premier bilan de la récolte de céréales 2010. Celui ci est positif dans son ensemble. Voici ce bilan détaillé.

Blé tendre : rendements hétérogènes, mais qualité au rendez-vous

Les récoltes sont terminées dans la majeure partie de la France, elles sont toujours en cours dans l’Est, dans le Nord et sur la bordure maritime de la Manche.
Au 10 août, l’estimation de la production est légèrement supérieure à 35 Mt. Le rendement moyen national, évalué à 71 q/ha, serait proche de la moyenne quinquennale (71,2 q/ha).
La récolte 2010 est marquée par une grande hétérogénéité de rendements à l’intérieur des
régions, en raison principalement des conditions climatiques en cours de campagne. La
sécheresse survenue durant la montaison a ainsi impacté les cultures et n’a pas toujours permis une bonne valorisation des apports d’azote. L’effet type de sol est donc marqué : les parcelles en sols séchants ont été plus particulièrement pénalisées, tandis que les terres plus profondes obtiennent de meilleurs résultats.
Dans les 2/3 sud du pays, le rendement moyen se situe autour de 65 q/ha avec des extrêmes à 40 et à 90 q/ha. Ils déçoivent notamment en Poitou-Charentes et Pays de la Loire. En revanche, les résultats sont meilleurs qu’attendu en Bourgogne et en Franche-Comté. Quant au Sud-Ouest, après des résultats décevants en 2009, il retrouve cette année un très bon niveau de rendement.
Les rendements moyens sont compris entre 70 et 90 q/ha, de la Beauce au nord du pays, avec là encore des écarts importants.
En termes de qualité, 2010 s’annonce être un bon cru. Dans la plupart des régions, les teneurs en protéines sont ainsi supérieures à 11 % en moyenne, voire même 12 %. Elles sont toutefois un peu plus faibles qu’habituellement dans le Sud-Ouest, en raison d’apports d’azote parfois insuffisants. Sur l’ensemble du pays, les poids spécifiques sont très bons, dépassant généralement 78 kg/hl en moyenne. Quelques baisses sont constatées pour les blés récoltés après des passages pluvieux. Enfin, il n’y a pas à ce jour de problème signalé de germination sur pied.

Blé dur : une récolte globalement de très bonne qualité

Les récoltes sont terminées.
Avec un rendement moyen de 49 q/ha, la production estimée est proche des 2,5 Mt.
On observe, comme en blé tendre, une hétérogénéité de rendements dans la plupart des régions.
Dans le Centre et l’Ouest, le climat sec durant la montaison a fortement contribué à diminuer le nombre d’épis et les rendements sont généralement compris entre 50 et 60 q/ha. Dans le Sud-Est, les rendements dépassent 35 q/ha en moyenne, avec des extrêmes de 20 à 70 q/ha. Les moins bonnes parcelles ont été pénalisées par l’excès d’eau hivernal, le piétin échaudage en blé sur blé, mais aussi par une moindre utilisation de fongicides et d’azote par les agriculteurs. Enfin, comme en blé tendre, le Sud-Ouest obtient de très bons rendements en blé dur, compris entre 50 et 60 q/ha en moyenne.
La récolte est globalement de très bonne qualité. Les poids spécifiques dépassent ainsi 80 kg/hl en moyenne dans la plupart des régions. Les teneurs en protéines sont également d’un bon niveau dans les régions de l’Ouest et du Centre, de 14 % à plus de 15 % en moyenne. Elles sont en revanche plus faibles dans le sud de la France, avec des teneurs généralement comprises entre 13 et 14 %. Dans tous les cas, peu de mitadinage est signalé et la moucheture est très peu présente.

Orges : rendements variables, mais bonne qualité

Toutes orges confondues, la production est évaluée à 10,4 Mt.

Orges d’hiver : 7,7 Mt. Les récoltes sont terminées.
Comme les autres céréales, les orges ont été impactées par les conditions séchantes en cours de montaison et d’importants écarts de rendements sont constatés au sein des régions. Ces derniers sont donc en retrait par rapport à 2009 sur la majeure partie du territoire, même s’ils apparaissent plutôt bons en Midi-Pyrénées. Les meilleurs résultats sont observés en bordure maritime de la Manche, ainsi qu’au nord et à l’est de la France, avec des moyennes proches des 70 voire 80 q/ha.
Les orges brassicoles sont globalement de bonne qualité. Les teneurs en protéines sont
généralement contenues entre 9 et 11,5 %, mais quelques lots peuvent dépasser 11,5 %. Les poids spécifiques sont très bons, presque toujours supérieurs à 65 kg/hl en moyenne voire supérieurs à 68 kg/hl. Les calibrages dépassent 70 % et même souvent 80 %.

Orges de printemps : 2,7 Mt. Les récoltes sont en cours dans le nord de la France.
Là encore, les rendements apparaissent généralement inférieurs à ceux de 2009 et hétérogènes. Sur le plan qualitatif, les calibrages sont bons à très bons, souvent supérieurs à 90 %. Les teneurs en protéines moyennes sont souvent situées autour de 11 %, mais quelques valeurs supérieures à 11,5 % peuvent être observées dans le Centre et le Centre-Ouest. Les poids spécifiques sont toujours d’un bon niveau.

Pois : plus de 1 Mt de production

Les récoltes sont en cours dans le nord de la France et sur la bordure maritime de la Manche.
Du fait de la forte augmentation des surfaces, la production devrait dépasser 1 Mt.
Les rendements se situent entre 20 et près de 60 q/ha sur l’ensemble des régions de production avec une moyenne nationale à 45 q/ha. Les cultures ont été pénalisées en Poitou-Charentes qui affiche un rendement moyen de 35 q/ha. Les meilleurs résultats sont observés dans le nord du pays avec des moyennes dépassant toujours 45 q/ha. Dans tous les cas, des hétérogénéités sont constatées dans les régions.

Colza : une production estimée à 4,6 Mt

Les récoltes sont toujours en cours dans le nord de la France et sur la bordure maritime de la Manche.
Les rendements sont en retrait par rapport au record de 2009 et des écarts importants sont observés dans les régions. Ceci est particulièrement vrai en Poitou-Charentes, où le rendement moyen atteint à peine 25 q/ha du fait de problèmes d’implantations de parcelles et de parasitisme.
Dans le reste de la France, les rendements sont compris entre 30 et 40 q/ha, les maxima étant observés en Picardie et Nord-Pas-de-Calais.

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