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Collaboration européenne pour les recherches en agriculture biologique


Dans l’optique de renforcer leur partenariat existant depuis plus de 20 ans, qui a déjà permis de mener des projets de recherche – notamment dans le contexte de projets européens (41 publications cosignées) autour des thématiques de santé animale, de sélection végétale et animale, de fertilité des sols de grandes cultures, etc., l’Inra et le FiBL ont signé un protocole d’entente pour construire l’avenir des recherches en agriculture biologique autour de nouveaux projets communs sur des thématiques pluridisciplinaires.

Le FiBL et l’AB

L’institut de recherche de l’agriculture biologique, FiBL, est, à l’échelle mondiale, l’un des principaux acteurs des recherches sur l’agriculture biologique.

Ses recherches sont multidisciplinaires et l’institut dispose d’une exploitation agricole, avec un domaine viticole et ses propres chais et vergers. Les compétences du FiBL sont également recherchées hors de Suisse et l’Institut participe à de nombreux projets internationaux – tant sur le plan de la recherche que de la vulgarisation, de la formation continue ou encore de la coopération au développement.

L’Inra et l’AB

L’effort de recherche et d’expérimentation de l’Inra en faveur de l’AB est ancien et important. Il se traduit, depuis près de 15 ans, par des projets de recherche spécifiquement dédiés à l’AB portant aussi bien sur la génétique, les pratiques et les filières, que sur les attentes des consommateurs ou les politiques publiques.

Le plus souvent, ces travaux sont développés dans le cadre d’un partenariat étroit avec les acteurs de la recherche-développement. Cet engagement de l’Inra s’opère également au niveau européen. Les recherches de l’Inra en AB s’appuient notamment sur un dispositif expérimental réparti sur tout le territoire, qui couvre les principales productions animales et végétales. Un de ses dispositifs est situé sur le site de Laqueuille sur le territoire auvergnat.

A Laqueuille, cap sur l’élevage ruminant bio

Le site Inra de Laqueuille, situé entre 1000 et 1500 mètres d’altitude, conduit des expérimentations en agriculture biologique sur les systèmes d’élevage allaitant herbagers.

Avec 117 hectares de prairies, 35 bovins et 230 brebis, le projet de recherche SALAMIX vise à mettre à l’épreuve et comparer 3 systèmes d’élevage biologiques herbagers avec l’objectif de produire de manière autonome de la viande finie à l’herbe à partir de prairies permanentes.

Deux éléments stratégiques majeurs sont mis en œuvre pour cela : le croisement d’une race rustique avec une race herbagère précoce et l’association de deux espèces animales (ovin et bovin allaitant).

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Quand les loups franchissent la lisière -


Le département Sciences pour l’action et le développement de l’Inra (UMR Selmet, Montpellier) et le le CERPAM (Centre d’Etudes et de Réalisations Pastorales Alpes Méditerranée, Manosque) ont mené une enquête à Seyne-les-Alpes (Alpes de Haute Provence) sur les changements de comportement des loups vis-à-vis des humains et de leurs activités, et sur les risques, nouveaux ou croissants, de prédation des élevages de bovins.

Cette enquête, réalisée à partir d’entretiens approfondis auprès d’une large gamme d’acteurs – éleveurs, chasseurs, randonneur ou intervenants du secteur – montre la richesse des témoignages locaux dont la fertilisation croisée avec les savoirs issus des observations et constats officiels d’experts serait profitable.

Ce type de recherche, explorant les savoirs d’acteurs locaux, permet de proposer des pistes d’analyse pertinentes à une échelle plus globale, ce qui est nécessaire aux adaptations de politiques publiques.

Des loups qui « s’habitueraient » à la présence des humains

À partir du 6 juin 2015, une vague médiatique fait suite aux déclarations d’un adolescent de 16 ans, fils d’éleveurs de bovins à Seyne-les-Alpes (04), affirmant s’être fait attaquer par des loups, de nuit et sur un pré jouxtant leur habitation. La mise en doute de ces déclarations, quasi-générale, est parfois allée jusqu’à traiter l’adolescent d’affabulateur et suspecter sa famille d’une manœuvre d’alerte au sujet des loups.

Pour les auteurs, spécialistes des activités d’élevage confrontées aux loups, en France et ailleurs, ces déclarations indiscutablement originales n’étaient peut-être pas vraiment surprenantes. En effet, les prédateurs (ours, loups, tigres…) peuvent manifester une habituation, ou familiarisation, envers les humains, encouragée notamment par un statut de protection stricte.

C’est le motif de l’enquête menée à Seyne-les-Alpes, dès juillet et août. Les deux questions majeures ont porté sur les signes de changement de comportement des loups envers les humains et sur les risques nouveaux ou croissants de la prédation des loups sur les élevages bovins. L’enquête s’est adressée à toute personne habituée des lieux — éleveur, chasseur, randonneur ou intervenant du secteur — pouvant apporter un témoignage personnel de rencontres avec des loups. Vingt-deux entretiens approfondis ont été réalisés, enregistrés puis retranscrits.

Le bassin de Seyne est inséré dans des montagnes boisées et dépeuplées, mais dont les parties hautes constituent des alpages dégagés où montent l’été essentiellement des troupeaux ovins. C’est une vallée bocagère d’altitude, densément peuplée et occupée par l’élevage, principalement de bovins allaitants.

Ce paysage de prairies verdoyantes en contrebas de forêts est particulier pour les Alpes du Sud, beaucoup moins à l’échelle européenne. L’enquête a été focalisée sur la lisière entre le bocage et le versant forestier de la montagne de La Blanche.

La présence des loups diffère selon les points de vue

À ce jour, dans un paysage qui offre des habitats favorables aux ongulés sauvages : chamois, chevreuils, mouflons et quelques cerfs, Seyne-les-Alpes n’est pas répertoriée comme une zone de présence permanente de loups (ZPP), ni « à surveiller » selon les services spécialisés de l’État. Pourtant, autour de la lisière étudiée, 14 témoins adultes, dont un lieutenant de louveterie et un technicien de la Fédération départementale des chasseurs, nous ont décrit en détail leurs observations de loups.

Pour neuf d’entre eux, il s’agissait de groupes d’au moins trois loups adultes. Se sont ajoutés des signes tangibles de reproduction sur zone : louveteaux, tanière ou abri sous roche avec litière. Sur ces bases, et compte tenu de la distance aux ZPP déjà répertoriées, l’enquête propose l’hypothèse d’une meute non encore identifiée et dont le territoire couvrirait la zone étudiée.

Cette hypothèse concorde avec l’avis des chasseurs enquêtés. Leurs constats, argumentés, sont unanimes : depuis 3 à 4 ans, chamois et chevreuils ont nettement changé de comportement et se sont raréfiés ; c’est plus brutal encore pour les mouflons.

Leur mise en cause du loup, mal reçue officiellement, peut étayer des soucis pour l’attractivité de la chasse, notamment auprès des jeunes.

Quand les vaches s’affolent et deviennent ingérables

Le comportement devenu très méfiant des ongulés sauvages ainsi que leur apparente raréfaction pourraient expliquer un report de prédation sur les bovins.

Il ne s’agit plus seulement de jeunes veaux qui manquent à l’appel, mais aussi d’attaques sur des animaux plus âgés, en alpage comme sur les prés en vallée. De plus, les éleveurs constatent un changement de comportement nouveau et très préoccupant chez leurs bovins. Les chiens ne sont pas en cause : les bovins, très habitués à les voir, leur sont indifférents.

Si nécessaire, les vaches suitées les éloignent. Mais depuis quelques années, suite aux attaques avérées ou suspectées de loups, vaches, génisses ou taureaux se montrent très inquiets, voire paniqués. Certains groupes ont fui à plusieurs kilomètres après avoir brisé clôtures et barrières.

Certains animaux devenus dangereux pour leur éleveur, ou tout au moins ingérables, ont dû être réformés. De tels comportements excèdent évidemment les capacités de vigilance et d’intervention des éleveurs.

Rencontres avec les loups

Autre phénomène nouveau sur Seyne : les rencontres inopinées des humains avec des groupes de loups, et parfois de près. Pour les chasseurs, c’est en montagne, mais parfois aussi en lisière des prés et à proximité d’habitations. Un chasseur à l’arc s’est fait aborder par deux canidés sub-adultes. La présence d’un adulte, massif, peu craintif et de couleur uniformément noire, est également signalée par plusieurs témoignages, dont deux promeneurs qui l’ont vu de près.

Pour le maire de Seyne, l’afflux de témoignages devient banal et manifeste l’émergence d’un risque, serait-il accidentel, avec les loups en circulation sur sa commune.

Des loups devenus menaçants

Cette émergence d’un risque est corroborée par « l’affaire des fils Ferrand ». Leurs témoignages, au terme de l’analyse réalisée, apparaissent à la fois sincères, crédibles et cohérents. L’enquête approfondie auprès de l’adolescent de 16 ans ayant déclaré s’être fait attaquer par des loups, a entendu son frère de 20 ans également protagoniste de l’évènement, ainsi que leur père.

Une description cartographique et minutée de l’événement, ainsi que la chronique des faits antérieurs survenus sur le même lieu, permettent de comprendre les réactions des deux frères.

Cette nuit-là, il s’agissait de la 9ème rencontre en un mois avec ces loups : après 3 attaques diurnes visant des veaux que l’éleveur et ses fils avaient interrompues, après la prédation d’un veau authentifiée par l’ONCFS et suivie de l’autorisation préfectorale de tirs de défense, l’administration avait organisé 4 jours consécutifs d’affût sur ce pré, période durant laquelle les loups ne se sont pas montré ; or c’est dans la nuit du 5e au 6e jour que l’adolescent, monté dans le pré avec son frère en raison des beuglements de leurs vaches, s’est trouvé menacé.

Et demain ?

L’ensemble des résultats d’enquête fait sens à partir du moment où l’on ne considère pas « l’affaire des fils Ferrand » comme un fait isolé de son contexte. Il y a eu un processus assez long et interactif de modification des comportements de plusieurs catégories d’êtres interagissant de part et d’autre de la lisière, loups, ongulés, bétail, humains, jusqu’à une approche menaçante d’un humain vulnérable par des loups de nuit.

Ces évolutions ont des conséquences sur le territoire : une baisse d’attractivité cynégétique et récréative, si ce n’est déjà un risque en matière de sécurité civile ; une atteinte à la viabilité des élevages de bovins conduits à l’herbe, dont il est attendu aussi qu’ils contribuent à la gestion des paysages et de leurs aménités.

Télécharger le rapport complet

Garde L., Meuret M., 2017. Quand les loups franchissent la lisière : expériences d’éleveurs, chasseurs et autres résidents de Seyne-les-Alpes confrontés aux loups. Rapport d’enquête. CERPAM Manosque & INRA UMR Selmet Montpellier : 116 pages.   >>> (PDF)

Voir aussi le diaporama présenté lors de la restitution de l’enquête qui s’est tenue le 27 janvier 2017 :
> Quand les loups franchissent la lisière : Expériences d’éleveurs, chasseurs et autres résidents de Seyne-les-Alpes confrontés aux loups
Laurent Garde (Cerpam) et Michel Meuret (INRA)
Conférence/Restitution d’enquête, 27 janvier 2017, Manosque
Diaporama (43 diapositives)

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Partenariat INRA-CLCV : contribuer à améliorer le cadre de vie des citoyens


L’Institut national de la recherche agronomique (Inra) et l l’organisation de consommateurs CLCV (Consommation, logement et cadre de vie) viennent de signer une convention de partenariat avec pour objectif de contribuer à l’amélioration de vie des citoyens, notamment par le développement d’une alimentation plus durable.

La CLCV intervient notamment dans les secteurs de la défense des consommateurs, et celle de l’environnement, et ses actions visent un monde juste et solidaire. L’Inra mène des recherches finalisées pour une alimentation saine et de qualité, pour une agriculture durable et pour un environnement préservé et valorisé. Cet accord concrétise un intérêt réciproque pour l’échange d’informations et la mise en œuvre d’actions communes.

Dans le cadre de son document d’orientation 2015-2025, l’Inra s’est notamment fixé pour objectif de développer des actions permettant un dialogue constructif entre les chercheurs et les acteurs de la société civile non-marchande. La signature de la convention avec la CLCV en est une illustration. Celle-ci identifie plusieurs domaines d’intérêt réciproque, dont la question de la réduction des gaspillages alimentaires, les évolutions de la consommation de viande, ou encore les qualités des fruits et légumes depuis leur production jusqu’à leur consommation.

L’accord signé aujourd’hui formalise une collaboration qui a débuté il y a quelques années avec des actions communes : journée de dialogue entre chercheurs et bénévoles de la CLCV autour de l’acquisition des préférences alimentaires, séminaire sur la thématique « Taxation des biens alimentaires et environnementaux ». Un projet de recherche conjointe a également été engagé sur l’étiquetage alimentaire et environnemental, dont la restitution aura lieu au premier semestre 2017.

Philippe Mauguin, pdg de l’Inra, précise : « Les consommateurs sont au cœur des systèmes alimentaires. Notre recherche pour une alimentation saine et durable, pour des agricultures qui devront nourrir plus de 9 milliards d’habitants en préservant la planète et dans un contexte de changement climatique, bénéficie de leur regard critique, de leurs questionnements et de leur participation. C’est pourquoi cette convention de partenariat avec la CLCV est très importante pour nous. Elle va permettre de poursuivre nos échanges de manière soutenue et de développer de nouvelles actions communes dans un esprit de co-construction.».

Nouvellement élu président de la CLCV, Jean-Yves Mano rappelle que « la CLCV a toujours été mobilisée sur les questions alimentaires.  Nous avons toujours eu le souci de partir des remontées des consommateurs et des travaux de nos enquêteurs bénévoles sur le terrain. Il nous a paru très important d’échanger avec la communauté scientifique de l’Inra pour ainsi allier d’une manière originale la rigueur et le concret ».

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Vers de meilleures stratégies agricoles et alimentaires pour concilier durabilité et nutrition


Comment améliorer nos apports nutritionnels en optimisant nos pratiques agricoles ? Manger sain est-il bon pour notre planète ? Comment guider nos choix alimentaires pour concilier durabilité et nutrition ?

Depuis plus de 3 ans, des équipes coordonnées par l’Inra et impliquant la filière Bleu-Blanc-Coeur, Valorex, Terrena travaillent sur ces problématiques dans le cadre du projet Agralid. A l’occasion d’un séminaire à Paris le 8 novembre 2016, les chercheurs livrent leurs résultats finaux.

Ils confirment que le mode de production des produits animaux est un levier efficace d’amélioration des apports en acides gras dans la population française. De plus, leurs travaux débouchent sur un outil d’aide à la décision pour choisir les menus les plus durables selon différentes contraintes (disponibilité des aliments, coût, environnement…).

De nombreuses maladies contemporaines (obésité, diabète, maladies cardio-vasculaires…) sont liées à des déséquilibres dans les apports alimentaires qu’il s’agisse d’excès de sel, de sucres rapides, d’un mauvais équilibre entre énergie et protéines ou entre acides gras oméga-6 et oméga-3. Dans ce contexte, le projet Agralid a démarré en janvier 2013 avec pour objectif d’identifier des filières de productions agricoles durables capables de répondre au mieux aux recommandations nutritionnelles pour l’homme, en modifiant le moins possible les habitudes alimentaires et en proposant des menus accessibles au plus grand nombre.

Des algues et du lin pour nourrir les animaux d’élevage et améliorer nos apports en acides gras

La qualité nutritionnelle des produits animaux, l’impact environnemental, le coût de production peuvent être améliorés par le mode de production et particulièrement par les stratégies alimentaires mises en place dans les élevages. Ainsi, les pratiques déclinées au travers de la filière Bleu-Blanc-Coeur  répondent à des enjeux de santé publique en ce qui concerne les apports d’acides gras.

Dans le cadre du projet Agralid, les chercheurs ont utilisé de nouvelles matières premières alimentaires. Ils ont, entre autre, nourri les animaux d’élevage (porcs, poulets, poules pondeuses et vaches laitières) avec une source de microalgues riches en acide docosahéxaéonique (ou DHA), un acide gras jugé bon pour la santé humaine. Cet apport de DHA par les micro-algues s’est traduit par un fort dépôt dans la viande et les œufs. Les chercheurs ont également montré que les apports en acides gras oméga-3 sont améliorés lorsque les produits animaux sont issus d’un mode de production BBC filière lin (animaux nourris avec des graines de lin).

De plus, les scientifiques ont testé l’impact de nouvelles technologies industrielles (extrusion1 ou dépelliculage des graines de lin) sur la digestibilité des acides gras et leur efficacité alimentaire. Ils ont constaté que l’apport de graines de lin permet d’augmenter le dépôt d’acides gras oméga-3 par rapport à un régime standard (il est par exemple multiplié par cinq pour la côte de porc) et cet effet est amplifié avec les graines dépelliculées.
En termes d’impacts environnementaux, les scientifiques ont montré que la filière BBC réduit les impacts « changement climatique » et « demande cumulée en énergie » de la plupart des produits animaux.

Le point de vue des éleveurs et des consommateurs

Comment les éleveurs se situent face à des offres de démarches agricoles intégrant des critères de nutrition, de santé humaine et d’environnement ? Les chercheurs d’Agralid ont mené plusieurs enquêtes sociologiques intégrant une composante économique auprès des éleveurs. Leurs analyses ont permis de conclure que l’adhésion à une démarche nutrition-santé-environnement n’est pas contraignante sur le plan technique du point de vue de la conduite d’élevage.
Par ailleurs, une expérimentation a été menée auprès de 300 personnes dans deux restaurants d’entreprise à Nantes et à Rennes. Il s’agissait de présenter aux consommateurs différents types de menus (un menu « santé » nutritionnellement optimisé, un menu « végétarien » à faible impact carbone, un menu « filière » basé sur l’identification de l’origine et du mode de production des produits (dont BBC), un menu « global » combinant une partie des composantes des 3 menus précédents).

Résultat : le menu « végétarien » (mettant l’accent sur les seuls arguments environnementaux) est celui qui recueille le plus mauvais score en termes de choix. Cette étude confirme également la préférence marquée des Français pour les produits dont l’origine et le mode de production sont bien identifiés. Ils révèlent aussi que les consommateurs sont prêts à payer plus cher (jusqu’à un surcoût de 10%) en choisissant un menu BBC « filière » ou « global », ce qui s’explique par des raisons à la fois hédoniques, sanitaires et éthiques.


Un outil d’aide à la décision pour améliorer ses menus

Le projet Agralid s’est concentré sur l’élaboration d’un outil d’aide à la décision pour définir les meilleures stratégies alimentaires. Une base de données regroupant au total 140 ingrédients a été constituée en rassemblant les informations relatives aux dimensions nutritionnelles, environnementales et socio-économiques. Les scientifiques ont ensuite développé un outil interactif qui permet non seulement de représenter graphiquement et de manière synthétique les principaux résultats du projet Agralid.

Mais surtout, cet outil permet d’explorer les conséquences d’un changement de pratique alimentaire progressif en termes de composition nutritionnelle, d’habitude alimentaire, de coût économique et d’impact environnemental . Il permet également de constituer de nouveaux menus tenant compte de diverses contraintes telles que les catégories, la quantité ou la diversité des ingrédients, les apports nutritionnels, les prix…

Après 3 ans de travaux, le projet Agralid a rassemblé une quinzaine de chercheurs de disciplines diverses et complémentaires qui confirment que le mode de production des produits animaux est un levier efficace d’amélioration des apports en acides gras dans la population française. Reste à poursuivre les travaux de recherche dans le domaine de la production des microalgues riches en DHA pour réduire les coûts d’utilisation en élevage, dans la protection des acides gras oméga-3 d’une possible peroxydation des produits enrichis naturellement en ces acides gras.

Par ailleurs, les consommateurs choisissent un menu non seulement pour son goût mais parce que les produits qui le composent donnent toutes les garanties de santé du fait de leur origine et de leur mode de production. Et il serait souhaitable de mieux valoriser auprès des consommateurs « le bénéfice santé » de ces produits issus de filières spécialisées comme celle des animaux recevant une part de graines de lin dans leur alimentation.

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Agriculture innovante en Auvergne Rhône-Alpes


A l’occasion de son déplacement au Salon international de l’agriculture, Laurent WAUQUIEZ,
Président de la Région Auvergne-Rhône-Alpes, a tenu à saluer l’agro-écologie en grandes
cultures en Limagne, modèle qui a été retenu par l’Etat comme projet pilote pour créer un
« laboratoire vivant » et favoriser l’innovation dans l’agriculture française.

Le Président de la Région Auvergne-Rhône-Alpes a tenu à souligner l’implication et
l’engagement des acteurs qui portent le futur Laboratoire d’Innovation Territorial pour les
grandes cultures en Auvergne : Sébastien VIDAL, agriculteur et administrateur de la
Coopérative Limagrain qui porte le projet LIT, Grégoire BERTHE, Directeur du pôle de
compétitivité Céréales Vallée qui anime et coordonne le LIT, Jean-Baptiste COULON,
Président du centre Auvergne Rhône-Alpes de l’INRA et Emmanuel HUGO, Directeur du
Centre Irstea de Clermont.

Laurent WAUQUIEZ a également rappelé que « les acteurs agricoles de l’Allier ont su initier
un véritable écosystème territorial qui associe agriculteurs, entreprises et acteurs de la
recherche et de l’innovation, preuve que la Région Auvergne Rhône-Alpes est déjà à la pointe
d’une agriculture innovante, connectée et créative. »

Le soutien de l’Etat, conjugué à l’ambition de la Région en matière d’agriculture, permettra
d’accélérer le déploiement de ce projet ambitieux qui vise à faire du territoire de Limagne
Val d’Allier une zone d’excellence agricole au sein de la Région Auvergne Rhône-Alpes.

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www.diagagroeco.org: faites le diagnostic agro-écologique de votre exploitation


L’outil de diagnostic agro-écologique des exploitations est un outil informatique accessible librement et gratuitement par internet.

C’est un outil de développement agricole, qui a pour objectif d’accompagner les agriculteurs dans leur réflexion autour des performances de leur exploitation, de leurs pratiques et leurs démarches, mais aussi d’estimer leur degré d’engagement dans l’agroécologie.

Il peut également faciliter l’animation d’un groupe autour du concept d’agro-écologie ou nourrir la réflexion dans la construction d’un projet agro-écologique.

Cet outil, réalisé par le ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt et par l’ACTA, est issu du travail collectif d’un grand nombre d’acteurs de la recherche et du développement en agriculture. Il repose sur les connaissances scientifiques et techniques des instituts techniques et de l’INRA, ainsi que de l’expérience et des compétences des membres du comité de pilotage du projet agro-écologique et de leurs réseaux.

► il est désormais en ligne à l’adresse suivante : www.diagagroeco.org

Un outil pour quoi et pour qui ?

Cet outil a été conçu pour :

les agriculteurs, seuls ou en groupe, qui s’interrogent sur l’état de leur système et sur ses évolutions possibles ; les conseillers agricoles et les enseignants, qui y trouveront un support de discussion et d’animation pour faciliter les échanges autour de l’agro-écologie.

Cet outil ne remplace pas l’homme ! Il sert à guider les agriculteurs dans un questionnement, mais les résultats doivent être resitués par rapport au contexte de l’exploitation. Il a pour objectif de soulever des questions et des pistes de réflexion.

Les réponses sont ensuite à réfléchir localement et à adapter au cas par cas.
Les résultats du diagnostic élaboré à l’aide de cet outil sont personnels : les données saisies restent anonymes et ne font pas l’objet d’utilisations individuelles. Il est possible de les partager avec d’autres personnes (par exemple un conseiller ou les membres d’un collectif d’agriculteurs), après avoir indiqué explicitement dans l’outil le choix des personnes autorisées à consulter les données.

Il ne s’agit pas d’un outil de certification. Il n’y a pas de lien entre les résultats du diagnostic et les aides dont bénéficient les agriculteurs le cas échéant.

Comment ça marche ?

Trois modules constituent le coeur de l’outil :

- un module « pratiques », afin de porter un regard sur les pratiques mises en oeuvre sur l’exploitation ;
- un module « performances », pour réfléchir aux performances économiques, environnementales et sociales de l’exploitation ;
- un module « démarches », pour s’interroger sur les moyens engagés pour faire évoluer l’exploitation (recherche d’information et de formation, actions collectives…).
Ces trois modules sont indépendants. Les utilisateurs peuvent tous les utiliser ou choisir celui ou ceux qui les intéresse(nt).

Une fois l’ensemble des trois modules complété, deux autres modules complémentaires deviennent accessibles :

- un module « synthèse », afin d’estimer son degré d’engagement dans un projet agro-écologique ;
- un module « pistes de progrès », si l’utilisateur souhaite aller au-delà d’un diagnostic et commencer à réfléchir à ce qu’il peut mettre en oeuvre pour aller plus loin dans l’agro-écologie.
Ce module permet soit de partir d’une performance à améliorer et d’identifier alors des pistes de pratiques pouvant y contribuer, soit de partir d’une pratique à mettre en place et d’identifier alors l’impact que cela pourrait avoir sur les performances de l’exploitation.

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Planter des arbres européens en Chine pour identifier les espèces invasives dans nos forêts


La majorité des espèces exotiques introduites en Europe et s’attaquant aux plantes viennent désormais d’Asie.

Des chercheurs de l’Inra, avec des collègues de l’Académie des Sciences de Chine et de l’Université Forestière du Zhejiang, proposent une nouvelle méthode pour détecter les envahisseurs potentiels dans leur région d’origine, avant leur introduction sur un autre continent.

Pour cela, ils ont planté des arbres européens comme sentinelles en Chine et durant quatre années, ils ont étudié la capacité des insectes et champignons pathogènes chinois à coloniser ces arbres.

Une expérimentation unique

Les chercheurs de l’Inra ont planté 7 espèces d’arbres européens, 5 de feuillus (charme, hêtre, et 3 espèces de chênes) et de 2 de conifères (cyprès, sapin), dans 2 sites de Chine (région de Beijing et de Hangzhou-Fuyang).

Au départ, les plants mesuraient environ 1,5 mètre et ont été plantés sur chaque site à raison de 100 individus par espèce, disposés en parcelles contiguës de 25 plants. Au total, 400 arbres ont été installés à Beijing et 700 à Fuyang.

Régulièrement, entre 2007 et 2011, les chercheurs ont surveillé étroitement la colonisation de ces arbres par les insectes et champignons chinois.
Durant ces quatre ans, tous les quinze jours à Fuyang ou tous les mois à Beijing, chaque arbre a été examiné pour repérer et comptabiliser les adultes et larves d’insectes ou les dégâts, puis ces insectes ont été collectés.

Les différents types de dégâts causés sur feuille, bourgeon, branche ou tronc ont été recensés et photographiés. A partir d’élevages, les chercheurs ont ensuite tenté d’attribuer chaque type de dégâts aux insectes présents, dont les larves et les adultes ont été conservés pour une identification taxonomique et génétique.

Au total, 104 espèces d’insectes ont été observées sur ces nouveaux hôtes. Certains insectes observés ont été considérés comme de simples consommateurs occasionnels des feuilles de ces arbres. Mais 38 espèces ont été responsables de colonisations multiples, la plupart sur le chêne sessile, et il a été prouvé qu’au moins 6 d’entre elles pouvaient assurer leur complet développement sur les arbres européens.

Ces 38 espèces peuvent être considérées comme des espèces potentiellement invasives si elles étaient introduites en Europe.

De manière surprenante, la majorité de ces espèces semblent être à l’origine liées aux cultures agricoles ou aux arbres fruitiers plutôt qu’aux arbres forestiers environnants.
Trois années ont été nécessaires pour atteindre un taux de colonisation maximal. Ainsi, la quasi-totalité des arbres ont survécu la première année, puis le taux de mortalité a été très important sur les 2 sites, avec cependant des différences significatives entre les essences.

Après 3 ans d’expérimentation, seuls 99 arbres sur les 400 plantés à Beijing étaient toujours vivants : les conifères étaient morts (sauf 4 individus) mais la moitié des chênes avaient survécu. A Fuyang après 2 années de plantation, le chêne sessile était le seul à obtenir un taux de survie proche de 50%.

Cette méthode d’arbres sentinelles semble donc prometteuse, et sa généralisation possible fait actuellement l’objet d’un projet européen COST intitulé « Global Warning ».

Un des points de blocage important concerne la difficulté d’identification des insectes, en particulier des larves, et pathogènes par des méthodes classiques. Cela pourrait être levé grâce au développement de banques de données moléculaires.

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Le génome du chêne séquencé


Des équipes de recherche de l’Inra et du CEA viennent de séquencer le génome du chêne pédonculé (Quercus robur).

Il s’agit du premier séquençage pour une espèce du genre Quercus très largement répandu dans l’hémisphère nord.

Ces travaux permettront notamment de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des arbres aux variations environnementales et fourniront des éléments pour anticiper leurs réponses au changement climatique. Ils font l’objet d’un premier article publié dans la revue en libre accès Molecular Ecology Resources, avant une publication finalisée des résultats dans les prochains mois.

Chêne pédonculé. © Inra, A. Kremer


Arbre emblématique, le chêne pédonculé (Quercus robur) fait partie de la section botanique la plus importante du genre Quercus : les chênes blancs, dont on dénombre 200 espèces et qui sont présents à la fois en Europe, en Asie et en Amérique.

Grâce à un consortium piloté par l’Inra de Bordeaux-Aquitaine, en partenariat avec le Centre National de Séquençage du CEA (Génoscope), le génome du chêne pédonculé vient d’être séquencé.

Trois années de travaux ont permis de décrypter l’ensemble de l’information génétique portée par ses 12 paires de chromosomes. Le consortium a caractérisé 50 000 gènes et estimé que la moitié des 1,5 milliard de paires de base du génome était constituée d’éléments répétés.

C’est la première réalisation pour une espèce du genre Quercus, qui occupe une place importante au plan économique, écologique, mais aussi culturel dans de nombreux pays.


<p>Séquençage Chêne pédonculé</p>. © Inra, A. Kremer
Séquençage Chêne pédonculé © Inra, A. Kremer

Le séquençage du génome du chêne pédonculé constitue une porte d’entrée unique pour analyser et comprendre la fonction des gènes de cet arbre emblématique. Son génome aura ainsi valeur de référence pour les autres espèces de chênes blancs, mais également pour des espèces plus éloignées de la famille des Fagacées (Châtaignier ou Hêtre).

Il permettra d’étudier la régulation interne des espèces très longévives exposées à de forte variations climatiques annuelles, voire à des événements extrêmes au cours de leur vie.

Ces recherches faciliteront également l’identification des gènes impliqués dans l’adaptation à l’environnement ou dans les relations symbiotiques entre leurs racines et les champignons mycorhiziens (comme le mycélium de la truffe).

Elles permettront aussi l’identification des gènes responsables de la biosynthèse des extractibles du bois, tels que les tannins et whisky lactone, qui confèrent leur saveur et leur goût aux vins et alcools. Au plan de l’évolution, la séquence du génome du chêne permet d’ores et déjà aux chercheurs d’analyser plus finement les processus d’adaptation locale et de spéciation qui expliquent la diversité de ces arbres qui ont colonisés des milieux très diversifiés.

Ces travaux constituent une avancée majeure dans la connaissance de la biologie, de la génétique et de l’évolution des arbres, qui sera largement valorisée dans les recherches à venir portant sur la structure et le fonctionnement du génome de ces espèces pérennes. Au-delà de la connaissance académique, ces recherches ouvrent des perspectives dans des domaines plus appliqués, en réponse aux multiples questions sociétales portant sur l’évolution des forêts.

Des résultats partagés

Conformément aux accords internationaux des Bermudes (1998) et de Fort Lauderdale (2003), ainsi qu’à la déclaration de Toronto (2009), les données du séquençage du génome du chêne sont mises librement à disposition de la communauté scientifique (www.oakgenome.fr), avant la publication de l’article scientifique finalisé par le consortium prévue dans les prochains mois.

Projet GENOAK

Ce séquençage, l’assemblage et l’annotation du génome du chêne constitue un résultat du projet « GENOAK » (Séquençage du génome du chêne et identification de gènes d’intérêt adaptatifs chez les arbres forestiers), initié en octobre 2011, co-financé par l’Agence Nationale de la Recherche pour 4 ans et rassemblant plusieurs équipes de recherche de l’Inra ainsi que le Génoscope du CEA.

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Rhône-Alpes / Auvergne : l’union est dans le pré !


Lundi 23 février, Jean-Jack QUEYRANNE, Président de la Région Rhône-Alpes, s’est rendu au
Salon international de l’agriculture à Paris avec René SOUCHON, Président de la Région
Auvergne. Après avoir inauguré l’Espace Rhône-Alpes, il a rencontré les artisans, les éleveurs
et les producteurs rhônalpins et auvergnats présents sur le salon, signé un protocole
d’accord avec l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et participé à
l’inauguration de l’Espace Auvergne.

Il était accompagné de Michel GREGOIRE, Vice-président délégué à l’agriculture et au
développement rural, Jean-Luc FLAUGERE, Président de la Chambre régionale d’agriculture
et Alain BERLIOZ-CURLET, Président de Rhône-Alpes Gourmand, Président de la Chambre
des Métiers et de l’Artisanat Rhône-Alpes.

Cette année, pour marquer l’union des régions Rhône-Alpes et Auvergne qui interviendra au
1er janvier 2016, les deux présidents de région ont tenu à être présents ensemble sur le
salon. Les espaces Rhône-Alpes et Auvergne sont limitrophes et proposent des animations
conjointes.

Par ailleurs, lors de cette journée, un protocole d’accord pour la période 2015 – 2020 a été
signé entre la Région Rhône-Alpes et l’INRA. Celui-ci affirme une volonté partenariale au
service d’objectifs commun dans les domaines de l’alimentation et de l’environnement. De
son côté, la Région Auvergne a pris un engagement similaire.

Rhône-Alpes a également convié l’Auvergne à participer à ses côtés à l’exposition universelle
« Milan 2015 » sur le thème « Nourrir la planète, énergie pour la vie ». A cette occasion, la
Région Rhône-Alpes bénéficiera d’un espace de 300 m² sur le pavillon France pendant les
deux premiers mois de l’exposition, du 1er mai au 30 juin 2015.

Pour Jean-Jack QUEYRANNE, «Comme Rhône-Alpes, l’Auvergne est une grande région
agricole. Nos structures sont très proches dans le domaine de l’élevage et des labels de
qualité. Nous allons pouvoir, ensemble, partager la recherche en matière agronomique,
travailler sur les circuits courts et la complémentarité des bassins de production. »

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L’histoire ancestrale des tomates modernes


La tomate est une espèce d’origine sud-américaine qui constitue aujourd’hui un légume de première importance dans le monde entier.

Les variétés de tomates cultivées aujourd’hui sont issues d’un long processus d’amélioration par l’Homme, d’abord par la domestication des tomates sauvages puis par la sélection des fruits les plus beaux dans les variétés cultivées. Cette histoire a été en grande partie retracée dans une publication, parue le 12 octobre 2014, dans la revue Nature Genetics.

Des chercheurs chinois ont séquencé les génomes complets de plus de 360 variétés de tomates dont plus de 100 ont été fournies par le Centre de Ressources Biologiques de l’Inra basé à Avignon.

L’histoire de la domestication des plantes cultivées est enregistrée dans la séquence des génomes des espèces, à l’image de l’histoire d’ancêtres que vous pourriez lire sur le visage des descendants. Mais la manière dont la domestication (passage des espèces sauvages aux espèces cultivées il y a plusieurs milliers d’années) puis la sélection humaine récente des meilleures variétés cultivées, ont modifié le génome de l’espèce reste largement méconnue. La sélection professionnelle est récente et n’a été généralisée qu’au début du 20e siècle.

Sans titre

Grâce aux nouvelles technologies de séquençage et à l’existence, depuis 2012, d’une séquence de référence de grande qualité du génome d’une variété de tomate appelée « Heinz 1706 », un consortium de huit laboratoires chinois a séquencé les génomes de 360 variétés de tomates sauvages et cultivées. Ils ont notamment bénéficié de plus de 100 variétés de tomates anciennes conservées dans le Centre de ressources biologiques  de l’Inra d’Avignon, choisies pour représenter un large ensemble de biodiversité.

L’histoire de la domestication de la tomate a été déchiffrée grâce à l’étude et à la comparaison du génome des espèces sauvages, encore conservées à ce jour, et des premières variétés domestiquées, proches de nos tomates-cerises.

L’impact de la sélection ultérieure a été analysée en confrontant le génome des premières variétés cultivées avec celui des variétés modernes, reconnaissables à leurs gros fruits. L’article montre que la domestication puis l’amélioration de la tomate par l’homme, ont modifié deux ensembles indépendants de gènes pour donner naissance au fruit de tomate moderne qui est 100 fois plus grand que son ancêtre.

Ces travaux ont montré plusieurs tournants d’évolutions majeurs au niveau des génomes modernes, dont la présence systématique de gènes de résistance issus d’espèces sauvages distantes sud-américaines, sélectionnés par croisements et introgression chez les variétés modernes, créant ainsi une nouvelle diversité du génome.

Les données sont rendues publiques via la base de données « Sol-Genomics » et constituent un ensemble très riche de plusieurs millions de polymorphismes, très utiles aux chercheurs et aux sélectionneurs qui travaillent sur la tomate.

1.L’introgression est un terme de la génétique (des plantes principalement) désignant le transfert d’un gène d’une espèce au pool génétique d’une autre espèce (après une hybridation suivie de rétrocroisements répétés avec l’une des espèces parentes). Un tel processus aboutit à un être très proche de l’original d’un point de vue génétique, mais disposant de certaines séquences d’ADN émanant de l’autre espèce parente.

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