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Le génome du colza séquencé


Inflorescence de colza. © CAIN Anne-Hélène

Un consortium international d’une trentaine d’instituts de recherche, piloté par l’Inra et le CEA (Genoscope) et associant le CNRS et l’université d’Evry, vient de rendre publique la séquence de référence du génome complet du colza.

Cette première mondiale ouvre la voie à la compréhension fondamentale des génomes complexes polyploïdes (associant plusieurs sous-génomes), ainsi qu’à l’amélioration variétale du colza, une grande culture récente1 en pleine expansion et à fort potentiel d’amélioration.

Une première mondiale

Dans le cadre du projet Seq-Poly-Nap, financé principalement par l’Agence nationale de la recherche (ANR), des chercheurs de l’Inra, du CEA (Genoscope), du CNRS, de l’Université d’Evry, en collaboration avec leurs collègues étrangers, ont produit la séquence de référence du génome du colza ainsi que celle d’une collection de variétés représentant la diversité de cette espèce.

Une séquence de référence constitue la séquence assemblée et ordonnée de tous les gènes. La principale difficulté dans le cas du colza a été de séquencer les deux sous-génomes et de les distinguer. Ceci a été rendu possible par la mise au point d’une stratégie originale de séquençage, le développement d’outils bioinformatiques et d’analyse de l’expression des gènes dupliqués et de leur régulation.

C’est la première fois qu’un génome polyploïde récent est séquencé dans son intégralité et comparé à ceux de ses espèces parentales, le chou et la navette (dont l’Inra a également contribué aux déchiffrages récents).

Le colza: champion des duplications récurrentes des génomes par polyploïdie

Les chercheurs montrent qu’au-delà de l’hybridation post-néolithique ayant conduit à sa formation, le colza aurait accumulé au cours de son évolution 72 génomes ancestraux, résultat de nombreux cycles de polyploïdisation, faisant de son génome un des plus hautement dupliqués chez les plantes à fleurs (angiospermes).

Ce phénomène récurrent, suivi par des restructurations du génome, a conduit à l’accumulation d’un grand nombre de gènes, soit plus de 101 000. Un nombre plus de quatre fois plus important que les 20 000-25 000 gènes de l’Homme par exemple.

Une cohabitation et un « dialogue » subtils entre les sous-génomes et gènes dupliqués

Les chercheurs ont observé que la grande majorité des gènes du colza sont dupliqués, existant donc en deux copies à séquences proches ou quasi-identiques. La quasi-totalité de ces gènes dupliqués sont exprimés ; pour un même gène, les deux copies participent conjointement à leur fonction.

Les chercheurs suggèrent que ces gènes dupliqués confèrent un réservoir important de diversification, d’adaptation et d’amélioration; la fonction principale étant régie par une copie des gènes dupliqués, la deuxième copie peut se restructurer et muter pour l’émergence de nouvelle fonction.

Le dialogue se traduit également par des échanges de gènes et d’ADN entre les deux sous-génomes du colza. Ainsi, pour un gène dupliqué, normalement présent sur les deux sous-génomes, une copie peut être remplacée par la séquence de la deuxième copie du second sous-génome. Le mécanisme d’échange à l’œuvre ainsi que son avantage sélectif restent encore à déterminer, bien qu’il ait déjà été montré que ce phénomène conduit à une diversification.

Une ressource unique pour l’amélioration variétale du colza

Le colza est une espèce cultivée à grande échelle depuis peu, à laquelle il reste un fort potentiel d’amélioration génétique. Ainsi le séquençage de son génome constitue une ressource unique au monde car il ouvre de nouvelles potentialités pour l’identification des gènes d’intérêt agronomique et leur utilisation rapide dans les programmes de sélection variétale.

Il serait par exemple possible d’améliorer la teneur et la composition en huile, la résistance à des pathogènes, la tolérance au froid, le rendement, ou encore l’efficacité d’utilisation des nitrates dans le sol.

De nombreux projets exploitant cette ressource pour une agriculture durable sont en cours, notamment à l’Inra.

1 L’apparition du colza est considérée comme « récente », c’est-à-dire qu’elle remonte à l’ère post-néolithique, soit environ 5 500 ans avant notre ère

Référence
Chalhoub et al. Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome. Science, 22 août 2014. DOI: 10.1126/science.1253435

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Qu’est-ce que l’Agroécologie ?


L’agroécologie, au cœur des orientations des organismes de recherche tels l’Inra et le Cirad, et des enseignements des écoles supérieures d’agronomie, est désormais une priorité politique affichée. Le terme lui-même, et les différentes notions qu’il recouvre, suscitent un grand intérêt auprès des politiques, agriculteurs et scientifiques, aux plans national et international.

Pour répondre au besoin de compétences engendré par l’essor de cette discipline, des établissements membres d’Agreenium (AgrocampusOuest, AgroParisTech, AgroSup Dijon, Cirad, INPT, Inra, Montpellier SupAgro) et l’Université de Lorraine(ENSAIA)ont créé l’Université virtuelle d’agroécologie, qui met aujourd’hui en ligne le premier module d’autoformation « Qu’est-ce que l’agroécologie ? ».

Les évolutions des agricultures pour s’adapter aux changements globaux et répondre au défi de la sécurité alimentaire mondiale tout en préservant les ressources impliquent des changements dans la manière de pratiquer la recherche agronomique et d’analyser le fonctionnement des agro-écosystèmes. L’Université virtuelle d’agroécologie (UVAE) propose un parcours de formation en ligne initiale et continue, à destination d’un large public (chercheurs et enseignants, agents scientifiques, ministériels et techniques, ingénieurs de développement…) disposant de connaissances de base en agronomie pour acquérir des connaissances et compétences dans cette nouvelle discipline.

Lancement du premier module « Qu’est-ce que l’agroécologie ? »

Aujourd’hui est lancé le module introductif intitulé « Qu’est-ce que l’agroécologie ? ». Il vise à décrire la diversité de cette discipline, dans ses dimensions agricoles, scientifiques et sociales, et précise l’acception qui sera utilisée dans le reste du dispositif.
Le module est divisé en quatre étapes, chacune d’entre elles proposant un parcours à la carte, rapide ou complet, dont les temps sont estimés. L’ensemble du parcours de ce module prévoit une vingtaine d’heures. Les cours proposés sont constitués de ressources audiovisuelles et de lectures d’articles, de recherches guidées à réaliser. Les retranscriptions des vidéos sont également disponibles.
Pour commencer ce module, il est proposé à l’apprenant de faire le point sur sa propre représentation et perception du concept d’agroécologie, à travers un test de onze questions simples. Une vidéo propose aussi un rapide panorama de plusieurs approches de la discipline afin d’en montrer la diversité aussi bien conceptuelle que pratique. Afin de confronter les différentes acceptions de l’agroécologie, une grille d’analyse aide à distinguer les différentes perceptions au travers des enjeux, des disciplines mobilisées, de l’échelle du système étudié, des acteurs impliqués, de l’ancrage géographique… Des ressources sont ensuite proposées pour un approfondissement des différents points de vue sur l’agroécologie.

La suite du dispositif

L’UVAE va être structurée de manière à ce que chaque apprenant puisse combiner trois types de modules. Le premier type correspondra soit à des connaissances théoriques (par exemple sur l’écologie des communautés), soit à des illustrations de concepts agronomiques ou écologiques, soit encore à des éléments de méthodes (par exemple stratégies d’échantillonnage et d’expérimentation pouvant être mobilisées en agronomie ou en écologie).
Le deuxième type de module permettra d’acquérir des connaissances concernant le fonctionnement des agroécosystèmes dans une perspective agroécologique (par exemple fonctionnement des peuplements plurispécifiques en cultures associées, ou encore interactions entre les animaux et les végétaux dans des systèmes agroécologiques complexes).
Le troisième type de module correspondra soit à de la mobilisation de leviers particuliers pour la gestion des systèmes (par exemple gestion des bordures de champs), soit à la conception de systèmes qui ont leur propre cohérence dans une ingénierie agroécologique (par exemple systèmes en agroforesterie).
Les prochains modules concerneront les services écosystémiques rendus par les sols et l’agriculture de conservation, ils devraient être mis à disposition d’ici la fin de l’année.

Pour accéder à l’UVAE :
http://www.ea.inra.fr/uvae

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Les chercheurs volent au secours des abeilles


Un monde sans abeilles ?

N’y pensons pas ! Bien sûr, les produits de la ruche, miel, pollen, cire, nous manqueraient.

Mais surtout, ces super-pollinisateurs sont indispensables à l’agriculture.

Si on parle de tonnage, 35% de ce que nous mangeons dépend directement de leur travail silencieux.

Si on parle de diversité, c’est 84% des espèces cultivées en Europe et plus de 80% des espèces sauvages qui ont besoin de leurs pattes et de leur toison pour s’échanger du pollen et se reproduire. Alors, seriez-vous prêt à vous passer de la plupart des fruits et légumes ?

Pourtant, on le sait, les abeilles connaissent des moments difficiles. Pesticides, pathogènes, prédateurs invasifs rendent leur survie difficile.

Facteurs auxquels il faut ajouter l’agriculture intensive qui uniformise les paysages et prive les abeilles d’une alimentation constante, accessible et variée.

La mortalité hivernale des ruches a de quoi inquiéter : entre 20 et 30% en France, autour de 40% pour la Belgique et la Suède. De quoi désespérer les apiculteurs. Nombreux sont ceux qui jettent l’éponge.

Ceci est d’autant plus inquiétant que le monde agricole manque cruellement de pollinisateurs. L’Europe aurait besoin de 13,4 millions de colonies d’abeilles en plus pour ses cultures. Que faire ? Les chercheurs fournissent d’intenses efforts pour mieux comprendre les causes du déclin des abeilles, et notamment pour trouver les synergies entre facteurs environnementaux, produits phytosanitaires et maladies.

Efforts payants non seulement en termes scientifiques, mais aussi en termes politiques: ce sont bel et bien les résultats de leurs recherches, notamment celles menées dans les labos Inra, qui ont abouti au moratoire européen sur les insecticides néonicotinoïdes.

Les efforts des chercheurs pour déterminer les causes du déclin ne peuvent se passer d’une meilleure connaissance de l’abeille mellifère : sa physiologie, son alimentation, ses extraordinaires formes de communication, la structure sociale des colonies, les pratiques apicoles et surtout, la relation des abeilles avec les divers environnements et écosystèmes qu’elles peuvent rencontrer.

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Recherche publique et OGM : il faut sortir du paradoxe


La décision  de la Cour d’Appel de Colmar dans l’affaire de la destruction, en 2010, d’un essai scientifique non-marchand en plein champ mené par l’Inra sera immanquablement l’occasion de débattre de la place de la recherche publique en matière d’expertise, d’innovation pour répondre aux enjeux sociétaux et de soutien à la compétitivité économique.

Il n’appartient pas aux chercheurs de décider des choix technologiques et scientifiques d’une société. Il n’en reste pas moins que deux missions incombent à la recherche, au-delà de sa vocation exploratoire première : produire et diffuser des connaissances utiles à la décision publique ; contribuer à l’innovation pour relever les défis sociétaux identifiés collectivement et soutenir la compétitivité de notre économie.

L’Inra est aujourd’hui actif dans le domaine des risques alimentaires : il participe à plusieurs projets de recherche français et européens, dont les résultats sont attendus pour mieux appréhender les effets des OGM sur la santé humaine ou animale. La situation est toute autre pour les risques environnementaux : alors que l’Inra a, dans le passé, conduit de nombreuses recherches sur ces sujets, nos essais les plus récents ont été détruits par des commandos de faucheurs ou bien n’ont pas été renouvelés par les pouvoirs publics pour de complexes questions de procédure.

Parallèlement, notre pays s’emploie depuis plusieurs années à identifier les fronts d’innovation susceptibles de répondre aux grands défis sociétaux liés à la sécurité alimentaire et à la gestion durable des ressources et des milieux, de stimuler nos filières et nos industries et de contribuer au retour de la croissance économique.

La recherche publique bénéficie ainsi, en France, du programme des Investissements d’avenir. Elle est également appelée à mobiliser des crédits européens dans le cadre du programme Horizon 2020 qui encourage les travaux scientifiques dans le domaine des biotechnologies, dont les OGM ne sont qu’une facette.

Le paradoxe est ainsi éclatant : d’un côté, la recherche publique est incitée à produire des connaissances et des innovations fondées sur les avancées les plus récentes des sciences et technologies du vivant ; de l’autre, elle est vandalisée ou bridée et elle ne peut produire les connaissances qui sont attendues de sa part, notamment en appui à l’expertise publique sur ces mêmes technologies.

Que faire pour sortir des violences illégales, de la destruction de biens publics financés par l’impôt et de cette paralysie de la recherche publique sur les OGM ? Faut-il, comme les chercheurs anglais, mener des travaux derrière des barbelés ?

Faut-il, comme en Suisse, sanctuariser un site national unique dédié aux essais de la recherche publique sur les OGM ? Si ces deux pays ont souhaité maintenir des essais au champ, c’est bien que ceux-ci sont nécessaires pour obtenir des résultats scientifiques robustes : l’expérimentation en serre et la modélisation mathématique ne sont en effet pas suffisantes pour saisir la complexité d’un système agricole.

Si un site d’expérimentation proche du modèle suisse devait voir le jour en France, il devrait garantir le « confinement extérieur » de ces essais, permettant de travailler en conditions culturales tout en évitant les risques de dissémination à grande échelle, comme nous l’avions fait sur notre essai détruit à Colmar.

La France, comme la majorité de l’Europe, s’oriente aujourd’hui vers un modèle agricole sans OGM cultivés et vers l’agro-écologie — celle-ci est d’ailleurs l’une des priorités scientifiques majeures de l’Inra.

Pour autant, ce choix démocratique ne doit pas amener le service public de recherche à baisser la garde dans ses travaux sur les OGM. Pouvons-nous en effet renoncer à étudier — comme l’exige souvent la société — leurs impacts environnementaux ou sanitaires alors que leur expansion mondiale est une réalité ?

Pouvons-nous laisser à d’autres la maîtrise des technologies les plus récentes et brider ainsi la compétitivité des entreprises françaises et européennes sur les marchés étrangers ? Pouvons-nous nous priver d’explorer les potentialités de ces technologies pour atteindre des objectifs d’intérêt public ou pour répondre, dans le futur, à d’éventuelles crises sanitaires ou climatiques ? Enfin, pouvons-nous donc vraiment faire l’économie d’essais scientifiques au champ en conditions contrôlées, pour traiter ces différents enjeux ?

François Houllier, Président de l’Inra

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Mieux connaître la truffe pour mieux la cultiver


Depuis une vingtaine d’années, la production française de truffe ne suffit plus à répondre à la demande, ce qui nécessite une importation accrue de ce champignon.

Afin de pallier ce problème, des chercheurs de l’Inra, de l’IRD, du CNRS, du Cirad et de l’Université Montpellier 2, en collaboration avec la Fédération Française des Trufficulteurs, ont étudié la truffe noire du Périgord sous toutes les coutures.

En voici les résultats.

La culture de la truffe connaît depuis les années 1990 en France une stagnation de sa production qui s’établit autour de 30 tonnes par an, alors qu’il y a 50 ans elle était d’environ 100 tonnes par an et beaucoup plus à la fin du 19e siècle.

Afin de comprendre les raisons de ce recul important et de trouver des solutions pour améliorer la situation, les chercheurs étudient la truffe sous tous ses aspects : génome, écologie, nutrition, développement, reproduction et interactions avec les plantes, les autres champignons et les bactéries.

Les connaissances avancent, mais des questions importantes restent encore ouvertes : Quels facteurs influent sur la croissance et les qualités aromatiques de la truffe ? Quelles sont les techniques de culture les plus indiquées ? Comment améliorer la productivité des truffières plantées ?

Pour répondre à ces questions, six laboratoires et deux organisations professionnelles se sont regroupées autour du projet « Bases d’une intensification écologique durable des écosystèmes truffiers », Systruf1. Voici quelques résultats présentés lors du colloque de clôture du projet.

La croissance des truffes dépend de la photosynthèse de l’arbre hôte, et non de la matière organique venue du sol

Contrairement à ce que l’on pensait jusqu’alors, la truffe se nourrit des sucres produits par les feuilles de l’arbre hôte et transférés aux racines auxquelles elle s’associe.

Par conséquent, plus l’arbre hôte se portera bien, plus il aura tendance à produire des truffes. Il faut donc éviter les tailles d’été qui freinent la croissance de l’arbre.

Par ailleurs, le manque d’eau est l’un des facteurs qui limitent le plus la productivité de la truffière puisqu’il agit directement sur la croissance des arbres.

TRUFFES INRA

La truffe peut être associée à de nombreuses espèces végétales

Si le chêne ou le noisetier sont les espèces les plus préconisées pour la plantation d’une truffière, elles ne sont pas les seules que la truffe peut coloniser. En effet, dans les truffières naturelles du Sud-Est de la France, on trouve souvent du mycélium de truffes associé aux racines de plantes herbacées comme les orchidées.

Conserver une certaine diversité d’espèces végétales pourrait donc permettre une meilleure productivité des truffières.

Le travail du sol doit se faire en dehors de la période de production des truffes

Le travail du sol est important pour limiter la concurrence d’autres espèces et favoriser la fécondation (la truffe ayant une reproduction sexuée). Cependant, il est à limiter pendant la période de croissance de l’ascocarpe (la partie comestible de la truffe) pour ne pas détruire le lien qui relie arbre et truffe.

Les bactéries du sol pourraient participer au développement de la truffe, voire à la formation de son arôme

Plusieurs espèces de bactéries parmi celles présentes dans le sol ont été retrouvées à l’intérieur de la truffe noire du Périgord.

Les études suggèrent que ces bactéries pourraient jouer un rôle dans la nutrition, le développement et la reproduction de la truffe. Elles pourraient entre autres participer à la formation de l’arôme si caractéristique de la truffe.

Les résultats acquis grâce au projet Systruf, tout en posant de nouvelles questions, permettent de revisiter les nombreuses pratiques empiriques de la trufficulture. Ils ouvrent les perspectives d’une amélioration de la production de la truffe noire du Périgord et, par extension, des autres espèces de truffe cultivées en Europe.

En dehors des retombées économiques directes résultant de l’augmentation de la production, les travaux de Systruf pourraient contribuer en région méditerranéenne au maintien ou au développement d’une activité agro-forestière.

De nouveaux projets sont en cours d’élaboration pour anticiper les effets possibles des changements climatiques et améliorer la gestion de l’eau dans les truffières.

1. Financé par l’Agence Nationale de la Recherche et la Région Languedoc-Roussillon sur la période 2009-2013, le projet a réuni le Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CNRS, Inra, Universités Montpellier 1, 2 et 3, Montpellier SupAgro, EPHE, CIRAD, IRD), les laboratoires Interactions arbres/microorganismes (Inra, Université de Lorraine), Biogéochimie des écosystèmes forestiers de l’Inra, Agronomie-Environnement (Inra, Université de Lorraine), Ecologie et écophysiologie forestière (Inra, Université de Lorraine), Symbioses tropicales et méditerranéennes (CIRAD, IRD, Université Montpellier 2, SupAgro), ainsi que la Fédération Française des Trufficulteurs (FFT) et le Centre d’études techniques et économiques forestières (Cetef).

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Processionnaire du pin: inexorable avancée…


La chenille processionnaire du pin est en passe de conquérir la presque totalité du territoire français à l’exception des zones froides d’altitudes très élevées ou au nord. Remontant du sud vers le nord à la faveur du changement climatique, cette espèce invasive constitue un véritable sujet de préoccupation sociétale.

La toxine contenue par les soies urticantes de la chenille processionnaire du pin (Thaumetopoea pityocampa) met en danger le bétail, les animaux domestiques mais aussi les êtres humains.

De plus, sa vorace activité défoliatrice réduit la croissance et fragilise les forêts de pins et cèdres.

Face à cette invasion, les chercheurs de l’Inra se mobilisent. D’une part, ils tentent de mieux comprendre la dynamique des populations de processionnaires et de mesurer l’étendue des dégâts qu’elles provoquent.

D’autre part, ils affinent les armes de la riposte : respectueuses de l’environnement, les méthodes qu’ils mettent au point permettent de se prémunir contre une infestation de chenilles en ville ou à la campagne et de prévenir leurs pullulations.

Lire le dossier complet réalisé par l’Institut National de Recherche Agronomique ( INRA) en cliquant sur les thèmes suivants:

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Comment favoriser la diversification des cultures ?



La diversification des cultures progresse peu malgré son intérêt environnemental et son inscription dans divers dispositifs incitatifs. Les ministères en charge de l’agriculture et de l’environnement ont commandé à l’Inra une étude visant à identifier les freins à la diversification des cultures en France, et les leviers mobilisables pour la favoriser.


La révolution agricole de l’après-guerre a conduit à une intensification et une spécialisation importantes de l’agriculture française, grâce au développement de la mécanisation et des intrants industriels (engrais, pesticides) et naturels (eau d’irrigation). La structuration concomitante des filières agro-industrielles a par ailleurs favorisé une spécialisation régionale des productions agricoles pour mieux garantir la quantité et la qualité des approvisionnements.
Cette spécialisation s’est accompagnée d’une réduction du nombre d’espèces cultivées et d’un raccourcissement des rotations, l’efficacité croissante des produits phytosanitaires permettant d’atténuer les effets agronomiques négatifs des rotations courtes ou des assolements simplifiés.

Plusieurs études réalisées récemment par l’Inra1 ont mis en avant la diversification des espèces cultivées, dans une exploitation agricole ou à l’échelle d’un territoire, comme un levier d’action pour réduire l’usage d’intrants chimiques et les nuisances environnementales associées à leur utilisation excessive. Mais cette diversification des cultures doit aussi permettre le maintien de la compétitivité de l’agriculture française dans le cadre d’une économie de marché mondialisée. Elle doit, en outre, être replacée dans un contexte agronomique ; en effet, les cultures de diversification ne prennent sens que dans le cadre d’assolements et de rotations qui n’étaient pas l’objet de l’étude, mais qui sont essentiels pour effectuer un bilan global de leur intérêt environnemental et économique.

L’étude de plusieurs espèces de diversification (chanvre, lin, pois, luzerne, lupin, sorgho…) met en évidence non seulement une variabilité très importante en termes de surfaces d’implantation et de dynamique d’évolution de celles-ci, mais aussi de nombreux freins techniques à leur développement liés à une disponibilité insuffisante de produits phytosanitaires, de machines agricoles, de références agronomiques et, pour certaines, de variétés.
Ces cultures constituent des marchés trop petits pour rentabiliser des investissements dans tous ces domaines. D’autres freins interviennent en aval de la production, où ces espèces se trouvent en concurrence avec des matières premières moins chères ou plus accessibles.

A contrario, les cultures de diversification parviennent à se développer lorsqu’elles présentent des qualités spécifiques reconnues et rémunérées sur des marchés différenciés. Ce développement requiert aussi une forte coordination entre tous les acteurs de la filière afin d’assurer des débouchés rémunérateurs aux producteurs, un approvisionnement sécurisé aux industriels, et la mobilisation de la recherche et du développement nécessaires à la maîtrise technique de la production et de la transformation.

Or, un tel fonctionnement est difficile à instaurer au sein du « régime sociotechnique » dominant, où les intérêts des différents acteurs des filières, leurs choix techniques et économiques se renforcent les uns les autres et concourent ainsi à « verrouiller » les systèmes productifs autour des espèces majeures (blé, maïs, colza…).
Les cultures de diversification ne peuvent alors se développer que dans des « niches », partiellement isolées de ce régime, qui permettent la mise en place d’apprentissages et la construction de réseaux économiques capables de supporter des filières de production et de commercialisation innovantes.

L’étude conclut que la diversification des cultures repose nécessairement sur la mobilisation simultanée et organisée de nombreux acteurs pour permettre l’établissement de débouchés stables et rémunérateurs. Pour impulser et faciliter cette mobilisation, l’action publique doit être raisonnée de manière systémique, et combiner différentes mesures complémentaires visant à infléchir et coordonner les stratégies de ces différents acteurs. Deux grandes catégories de leviers doivent être mobilisées :
  • Soutenir le développement de niches d’innovation. Par exemple, ouvrir ou compléter les dispositifs de partenariat entre acteurs des filières, du conseil, de la recherche, de la sélection et des collectivités locales afin de permettre la construction ou la consolidation de filières de diversification.
  • Mais aussi, soutenir l’innovation, génétique, agronomique, phytosanitaire ou liées aux technologies de transformation des produits, relative à ces filières, tout en prenant en compte et en valorisant la complémentarité de ces efforts par rapport à ceux consentis sur les espèces majeures.
  • Inciter le régime sociotechnique standard à évoluer, à ouvrir des fenêtres d’opportunité, à la faveur desquelles certaines filières de diversification pourront se développer et dépasser le statut de niche. Les règlements de la PAC (Politique Agricole Commune) ou les incitations à la réduction des intrants chimiques ont ici un rôle à jouer. Dans ce cadre, la poursuite de démarches d’acquisition de références techniques larges sur les systèmes qui intègrent des cultures de diversification serait particulièrement utile.

Enfin, il apparaît nécessaire de mettre ce travail en perspective en le situant plus globalement par rapport à l’ensemble des systèmes de culture et à l’ensemble des filières françaises et en essayant de proposer des scénarios quantitatifs et d’en évaluer les conséquences, à l’instar de ce qui a été fait dans l’étude « Ecophyto R&D ».
Il serait notamment intéressant d’évaluer plus précisément ce que l’on peut espérer gagner en termes d’impacts environnementaux globaux grâce à l’adoption de ces cultures de diversification.
1Etudes « EcoPhyto R&D » (2010) et « Réduire les fuites de nitrates au moyen des cultures intermédiaires » (2012) ; Expertises scientifiques collectives « Pesticides, Agriculture et Environnement » (2005), « Sécheresse et Agriculture » (2006), « Agriculture et Biodiversité » (2008) et  « Variétés Tolérantes aux Herbicides » (2011).


Retrouvez l’ensemble des résultats de l’étude dans le document de synthèse : http://www.inra.fr/l_institut/etudes/diversification_des_cultures

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Rapport Chalmin: table ronde sur les relations commerciales entre producteurs, transformateurs et distributeurs


A l’occasion de la présentation du rapport 2012 de l’Observatoire de la formation des prix et des marges des produits alimentaires, Stéphane Le Foll et Guillaume Garot annoncent la tenue d’une table-ronde le 21 novembre 2012 sur les relations commerciales entre producteurs, transformateurs et distributeurs.

©Pascal.Xicluna/Min.A­gri.Fr

Le rapport 2012 de l’Observatoire de la formation des prix et des marges des produits alimentaires a été présenté 13 novembre au Ministre de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt ainsi qu’au Ministre Délégué à l’Agroalimentaire.

Un apport important de cette édition est, pour la première fois, la diffusion d’informations détaillées sur les comptes par rayon alimentaire frais de la grande distribution, fournies à l’observatoire par les principales enseignes.

Il en ressort que pour 100 € de vente en hypermarchés et supermarchés, la marge nette est très variable d’un rayon à l’autre : en moyenne négative à -1,9 € en boucherie, tandis qu’elle est nettement positive, entre 5 et 6 €, pour les rayons charcuterie et volailles.

Le rapport met aussi en évidence la situation actuelle délicate des industries alimentaires confrontées à la hausse de leurs coûts en matières premières, ainsi que l’impact de la hausse des coûts de l’alimentation des animaux dans les exploitations d’élevage.

Le rapport 2012 de l’observatoire présente pour la première fois la décomposition de la dépense alimentaire nationale en valeurs ajoutées induites dans l’ensemble des branches de l’économie nationale. Sur 100 € de dépenses alimentaires, environ 8 euros reviennent actuellement à l’agriculture et 11 euros aux industries agroalimentaires, loin derrière le commerce (21 euros).

A l’occasion de la présentation ce rapport, Stéphane Le Foll et Guillaume Garot ont annoncé la tenue d’une table-ronde sur les relations commerciales entre producteurs, transformateurs et distributeurs le 21 novembre prochain.

Ce rapport rend compte des travaux réalisés depuis juin 2011 (remise du 1er rapport annuel) pour l’Observatoire par FranceAgriMer avec le concours du Service de la statistique et de la prospective du ministère de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt, de l’INSEE, de l’INRA, des instituts techniques et des fédérations professionnelles de l’agriculture, des industries agroalimentaires et du commerce.

Le fil conducteur des travaux de l’Observatoire est d’identifier dans le prix au détail en GMS des différents produits suivis (viande bovine, viande de porc, charcuterie, volailles, produits laitiers, fruits et légumes) les parts respectives de la matière première agricole et des valeurs ajoutées par la transformation et par le commerce, puis d’évaluer les coûts et bénéfices correspondants.
Le rapport est consultable en ligne sur le site internet de l’Observatoire (www.observatoire-prixmarges….).

Consulter le rapport

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forêt et changement climatique:



Une nouvelle étude menée par des chercheurs de l’Université Paris-Sud, de l’INRA, du CNRS, du CEA, d’AgroParisTech et de l’Université Joseph Fourier de Grenoble a permis d’évaluer, à partir de huit modèles de dernière génération, la réponse des forêts au changement climatique, et de souligner les incertitudes associées.

L’objectif de l’analyse était de comparer les sorties de différent types de modèles écologiques et de les combiner afin d’avoir des scenarii plus fiables. L’étude a porté sur une sélection de cinq essences forestières dominantes en France.

En général, les auteurs montrent que les arbres des plaines de l’ouest, du sud-ouest et du centre de la France seront les plus fortement touchés d’ici 2050. Le changement climatique compromettra l’avenir de certaines essences d’arbre en plaine, comme le pin sylvestre.

Ces résultats viennent d’être publiés dans la revue « Ecology Letters ».

Le changement climatique n’est pas sans effets positifs sur les arbres. La croissance de certaines essences, comme le hêtre, pourrait être stimulée dans le nord, l’est et en montagne.
Plus généralement, les modèles prévoient que toutes les espèces d’arbres étudiées progresseront en altitude, et que le chêne vert trouvera des climats favorables bien au nord de la région Méditerranéenne d’ici 2050.
L’utilisation d’une grande gamme de modèles, allant de modèles statistiques à des modèles complexes de croissance des arbres, a permis d’identifier des incertitudes dans les prévisions. Ainsi, il est difficile de prédire l’impact du changement climatique sans une meilleure connaissance des effets directs de l’augmentation de la teneur en CO2 atmosphérique sur la végétation.

Par exemple, les fortes teneurs en CO2 peuvent protéger les arbres contre la sécheresse.

En dépit de ces incertitudes, la plupart des modèles prévoient un recul des espèces de climat tempéré en plaine. Cela concerne plus précisément les essences telles que le hêtre ou le chêne sessile dans les plaines de l’ouest, du sud-ouest et du centre.

Ces résultats sont en accord avec d’autres projets de recherche comme « Dryade » qui ont montré que les sécheresses extrêmes ou à répétition, comme celles prévues à l’avenir, ont déjà augmenté la vulnérabilité et la mortalité des arbres.

Les résultats de ces travaux accomplis au sein du projet QDIV, soutenus par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) et le GIS « Climat, Environnement, Société » ouvrent de nouvelles perspectives dans la recherche sur les effets du changement climatique sur la végétation.

En effet, ils montrent le besoin de combiner plusieurs modèles écologiques de distribution d’espèce, comme le font les climatologues sur les modèles de climat, afin de comprendre leurs incertitudes, mais aussi leurs qualités.

Que faire face à de tels scenarii ?

Avec cette nouvelle étude, les scientifiques apportent des informations aux gestionnaires des forêts leur permettant d’anticiper les évolutions à venir. Ces derniers se préparent déjà au changement climatique, en mettant en place différentes stratégies.

Certaines consistent à favoriser les espèces plus résistantes à la chaleur et à la sécheresse aux dépens d’espèces plus vulnérables comme le pin sylvestre.

Dans d’autres cas, la meilleure stratégie consiste à améliorer la résilience des forêts — par exemple en renforçant la diversité spécifique et génétique, ou en atténuant la sécheresse par une sylviculture plus économe en eau — pour faire face à un avenir incertain.

Modifications des aires de répartition prévues pour le pin sylvestre d’ici 2055 dues au changement climatique. En rouge sur la carte, les régions bioclimatiques avec une perte quasi totale de climat favorable ; en marron clair, une perte modérée ; en vert clair, une faible perte ; en beige, l’absence actuelle de pin sylvestre. Les pourcentages de perte pour chaque région indiquent la moyenne des cinq modèles. Les prévisions de perte par les modèles pris individuellement sont indiquées en médaillon pour chaque région.
Références :
Climate change impacts on tree ranges: model intercomparison facilitates understanding and quantification of uncertainty, Alissar Cheaib, Vincent Badeau, Julien Boe, Isabelle Chuine, Christine Delire, Eric Dufrêne, Christophe François, Emmanuel S.Gritti, Myriam Legay, Christian Pagé, Wilfried Thuiller, Nicolas Viovy and Paul Leadley. Ecology Letters, 12 mars 2012. DOI: 10.1111/j.1461-0248.2012.01764.
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1461-0248.2012.01764.x/abstract

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Les abeilles désorientées par une faible dose d’insecticide


Pour la première fois, une équipe de recherche française multipartenariale a mis en évidence le rôle d’un insecticide dans le déclin des abeilles, non pas par toxicité directe mais en perturbant leur orientation et leur capacité à retrouver la ruche.

Pour réaliser leur étude, les chercheurs ont collé des micropuces RFID sur plus de 650 abeilles. Ils ont ainsi pu constater l’importance du non-retour à leur ruche des butineuses préalablement nourries en laboratoire avec une solution sucrée contenant de très faibles doses d’un insecticide de la famille des « néonicotinoïdes », le thiaméthoxam, utilisé pour la protection des cultures contre certains ravageurs, notamment par enrobage des semences.

Une simulation basée sur ces résultats laisse penser que l’impact de l’insecticide sur les colonies pourrait être significatif. Ces résultats sont publiés dans la revue Science le 29 mars 2012.

Les questions sans réponse aujourd’hui sur le déclin des populations de pollinisateurs, qui touche les abeilles domestiques comme leurs homologues sauvages (bourdons, osmies, etc.), ont conduit tous les acteurs concernés à unir leurs forces. Ainsi, chercheurs (INRA, CNRS), et ingénieurs des filières agricoles et apicoles (ACTA, ITSAP-Institut de l’abeille, ADAPI) ont, dans le cadre d’un partenariat pluridisciplinaire sur l’évaluation du déclin des abeilles, étudié le rapport entre l’ingestion d’un insecticide de la famille des néonicotinoïdes et la mortalité des butineuses. Leurs travaux montrent que l’exposition à une dose faible et bien inférieure à la dose létale de cette molécule entraîne une disparition des abeilles deux à trois fois supérieure à la normale.

© Inra / C. Maitre

Micropuce RFID collée sur le thorax d’une abeille

Pour réaliser leur étude, les scientifiques ont utilisé une méthodologie innovante : des micropuces RFID ont été collées sur le thorax de plus de 650 abeilles, ce qui a permis de contrôler individuellement leur entrée ou leur sortie de la ruche grâce à une série de capteurs électroniques. La moitié des individus a été nourrie avec une solution sucrée contenant une dose très faible d’insecticide, comparable à celle que les abeilles peuvent rencontrer dans leur activité quotidienne de butinage de nectar sur une culture traitée.

L’autre moitié, le groupe témoin,  a reçu une solution sucrée sans insecticide. L’ensemble des 650 butineuses a ensuite été relâché à 1 kilomètre de leur ruche, une distance habituelle de butinage chez les abeilles domestiques. En comparant les proportions de retours à la ruche des deux groupes d’abeilles, les chercheurs ont évalué le taux de disparition imputable à l’ingestion du produit testé. L’équipe a mis en évidence un taux significatif de non-retour à la ruche des abeilles, par un phénomène de désorientation dû à l’intoxication à faible dose. Lorsqu’elle est combinée à la mortalité naturelle, cette disparition liée à l’insecticide aboutit à une mortalité journalière de 25% à 50% chez les butineuses intoxiquées, soit jusqu’à trois fois le taux normal (environ 15% des butineuses par jour).

Afin d’évaluer l’impact de l’augmentation du taux de mortalité en période de floraison, ces valeurs ont été introduites dans un modèle mathématique simulant la démographie des colonies d’abeilles. Les résultats montrent que si la majorité des butineuses étaient contaminées chaque jour, l’effectif de la colonie pourrait chuter de moitié pendant le temps de la floraison – et jusqu’à 75 % dans les scenarii les plus pessimistes. Ce déclin démographique serait critique, à une période où la population de la colonie devrait atteindre un maximum, un préalable nécessaire au stockage de réserves alimentaires et à la production de miel.

Cette désorientation a donc le potentiel de déstabiliser le développement normal de la colonie, ce qui peut en outre la rendre vulnérable aux autres facteurs de stress que sont les pathogènes (varroa, Nosema, virus) ou les variations de la disponibilité des ressources florales naturelles. Cette étude indique ainsi qu’une exposition des abeilles butineuses à un insecticide néonicotinoïde pourrait affecter à terme la survie de la colonie, même à des doses bien inférieures à celles qui conduisent à la mort des individus.

À court terme, les partenaires de l’unité mixte technologique PrADE (Protection des Abeilles Dans l’Environnement) en lien avec les instituts techniques agricoles concernés ARVALIS-Institut du végétal et CETIOM (deux instituts techniques spécialistes des grandes cultures et notamment maïs et colza), mèneront des expérimentations en grandeur réelle, dans les conditions des pratiques culturales y compris pour la phase d’administration de l’insecticide, en utilisant cette même technologie RFID de suivi individuel des abeilles.

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